El domingo 19 de junio, Independiente Medellín alcanzó la sexta estrella de su historia en el torneo Apertura 2016. La anhelada sexta estrella, que le había sido esquiva en tres ocasiones.
El Rojo venció en la Final a Junior. La ida, disputada el miércoles 15 de junio en el estadio Metropolitano, de Barranquilla, se selló con empate a un gol. Jorge Aguirre adelantó al local en la primera etapa, pero pocos minutos después apareció Juan David Cabezas para señalar la igualdad definitiva.
Y la revancha, el día 19 en el Atanasio Girardot, se selló con fiesta Poderosa. El DIM venció 2-0 con anotaciones de Christian Marrugo y dio una nueva vuelta olímpica, ante su gente.
Medellín inició el camino al título en el estadio Alfonso López, ante Atlético Bucaramanga (2-2). Luego llegó un revés en casa ante Junior por la mínima diferencia, y después tuvo un invicto de ocho jornadas sin conocer la derrota.
En la fecha 17 asumió por primera vez el liderato del torneo y lo mantuvo hasta la Final. Su rival en Cuartos de Final fue Deportivo Cali, al que superó con solvencia, y después sufrió excesivamente para superar en Semifinales por penaltis a Cortuluá.
En el choque de ida, el onceno antioqueño venció 0-1, por lo cual su presencia en la Final parecía estar asegurada. Sin embargo, el equipo vallecaucano sorprendió en la revancha, con un Miguel Borja intratable y venció 1-2. Y en penaltis, el local se impuso 8-7. Posteriormente se jugó la Final ante Junior y llegó la celebración.
Marrugo fue el jugador más destacado del equipo a lo largo del semestre. También tuvieron un rendimiento superlativo el arquero David González, el mediocampista Daniel Torres, al punto de que ambos comenzaron a ser tenidos en cuenta para la selección Colombia, y el atacante Leonardo Castro, quien aportó diez goles para la consecución del título.
Para ser campeón, el DIM disputó 26 partidos, con catorce triunfos, ocho empates y cuatro derrotas. Convirtió 43 tantos y recibió 23, siendo una de las vallas menos vencidas del certamen.

No dio pie con bola
Consumado el título del torneo Finalización, el Medellín tuvo un segundo semestre para el olvido, que desencadenó en la salida del técnico Leonel Álvarez. Más allá de que tuvo un buen inicio de semestre, las constantes lesiones, el bajo rendimiento de algunos de sus jugadores, y algunos desaciertos del estratega influyeron para que el equipo no pudiera desplegar una buena campaña en la Copa Sudamericana ni en el torneo Finalización, en el cual llegó hasta los Cuartos de final, fase en la que cayó ante Santa Fe.
Si bien Leonel hizo mucho con una nómina reducida y hasta discreta si se quiere, fue destituido de su cargo. La directiva Roja eligió al argentino Luis Zubeldía para conducir al equipo en la temporada 2017, en la cual volverá a disputar la Copa Libertadores tras siete años de ausencia.