Ocurre, a veces, que el Juez Civil, al momento de dictar sentencia, se abstiene de ponderar la confesión ficta como prueba por no haber la parte contestado la demanda o no haber comparecido ésta al interrogatorio. Tal conducta, como lo ha establecido la jurisprudencia constitucional, da lugar a la generación de un defecto fáctico por no valoración (o por valoración defectuosa) del acervo probatorio que vulnera directamente los derechos fundamentales de los participantes en un proceso.
La Corte Constitucional, en Sentencia T-513/2011 revocó, vía acción de tutela, un fallo de la Sala de Casación Laboral de la Corte Suprema de Justicia y ordenó dejar sin efecto una decisión judicial del Tribunal Superior de Bogotá en razón a que tal órgano de administración de justicia no valoró -como prueba dentro del proceso- la confesión ficta en que incurrió una de las partes.  Consideró la Corte Constitucional que la no valoración de la confesión ficta constituía un defecto fáctico, en su esfera negativa, por valoración defectuosa del acervo probatorio y equivalía a una violación directa del derecho fundamental al debido proceso. indicó la Corporación que “ante la evidente existencia del defecto fáctico, la Sala concederá el amparo del derecho al debido proceso de la firma Value Trade Corp. Ltda, teniendo en cuenta que la sentencia de segunda instancia dictada dentro del proceso de liquidación de sociedad de hecho invocado por ella en contra de Qualification Technology Ltda. (…) adolece de ausencia de valoración de pruebas documentales y de la confesión ficta”.

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Al respecto también, en sentencia T-1065 de 2006, dijo la Corte Constitucional que "(…) Existe defecto fáctico por no valoración del acervo probatorio, cuando el juzgador omite considerar pruebas que obran en el expediente bien sea porque 'no los advierte o simplemente no los tiene en cuenta para efectos de fundamentar la decisión respectiva, y en el caso concreto resulta evidente que de haberse realizado su análisis y valoración, la solución del asunto jurídico debatido variaría sustancialmente.' Hay lugar al defecto fáctico por valoración defectuosa del material probatorio cuando o bien 'el funcionario judicial, en contra de la evidencia probatoria, decide separarse por completo de los hechos debidamente probados y resolver a su arbitrio el asunto jurídico debatido; (…).  En suma, esto implica en dos eventos extremos: evitar pasar por alto la valoración de ciertas pruebas (anomalía esta que tiene una estrecha relación con la ausencia de sustento argumentativo de la providencia judicial) o derivar efectos inexistentes o irracionales de las herramientas recaudadas legítimamente en el proceso”.
En sentencia C-622 de 1998, la Corte Constitucional indicó que si bien la confesión ficta era una presunción legal que como tal admitía prueba en contrario, esta debía ser desvirtuada expresamente o de lo contrario habría de tenerse como prueba de confesión en el proceso. Así pues, en sentencias C-622 de 1998 y T-589 de 2010 “la Corte declaró la existencia de un defecto fáctico porque en el proceso se omitió la valoración y no se desvirtuó la confesión ficta, es decir, porque no se presentó ninguna argumentación tendiente a desvirtuar la presunción que se desprendió de ella”. 
Es claro entonces que el Juez ha de valorar la confesión ficta como una prueba más del proceso y, si esta –como presunción- no resultara desvirtuada en el mismo, deberá darle a aquella el peso probatorio de la confesión. Actuar en contravía, lesiona no solamente el proceso en sí, sino los derechos fundamentales al debido proceso y derecho a la defensa que tienen las partes. 

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